东北黑土科学数据中心是依托于中国科学院东北地理与农业生态研究所，始建立于2006年，2011年通过国家科技部、财政部的认定成为国家科学数据中心。经过几年的建设和努力，已经形成了一支专业的数据资源建设和数据资源共享服务的人才队伍，以分中心门户网站和主动上门服务的形式为科研、教育工作者、生产建设者和政府决策部门等各类用户提供科学数据服务和技术支撑。
东北黑土科学数据中心的总体目标是定位于东北及世界珍贵的黑土区域，针对国家对东北农业生态资源与环境保护以及粮食安全的战略需求，以区域粮食产能建设和黑土资源可持续利用为目标，从天-地-生，地球系统科学范畴整合我国及世界其他三大片黑土区地理数据资源，服务于农业生态系统保护和建设，促进区域科学的进步和可持续发展。目前分中心已经汇集了长期研究积累的，历史遗留珍贵有价值的数据、样本、资料、成果和图件，将根据不同需求提供在线的和离线的数据资源产品、数据挖掘分析和数据整合加工处理等服务。
用户在使用数据时必须遵守数据共享政策，按照要求填写数据申请表，将研究成果与本数据中心互动，为科学数据的良性循环，促进科学和技术的发展做出贡献。